水は生活や産業に欠かせない存在ですが、汚水や生活排水、農業や畜産、食品加工から出る廃水は環境問題を引き起こす原因になります。EMのような微生物を使って汚染物質を分解し、浄化する技術は「バイオレメディエーション技術」と呼ばれ、環境に優しく持続可能な方法として注目されています。
微生物は生態系ピラミッドの底辺を支えていて、その微生物相が善玉菌優勢で、多様であることが、豊かな生態系につながっています。EMに含まれる微生物は、有機酸や酵素、抗酸化物質、キレート物質を分泌し、排水やヘドロに含まれる有機物を効率的に分解します。また、リンや窒素などの栄養過多の原因物質や、腐敗菌、大腸菌などの病原菌を除去し、腐敗や酸化を抑える効果もあります。
また、発酵分解の過程でアミノ酸や有機酸、糖類等が生産され、それらが在来微生物や藻類をはじめとする植物性プランクトンのエサとなり、原生動物（動物プランクトン）のエサになり、細菌から原生動物まで多様な微生物の種類や数が増えていきます。動植物プランクトンが増えると、それらをエサとする小さなエビ、カニ、貝、魚が増え、生態系がよみがえってきます。
EMは低コストで簡単に扱え、汚泥の量を減らし、廃水を浄化し、生態系を豊かにしていきます。EMの効果は多くの研究で確認されており、世界中で水処理技術として活用されています。たとえば、ドバイのリゾート地の人工湖では、EM活性液やEM団子を使って水質の改善が図られ、悪臭やヘドロ、蚊の繁殖が止まったと報告されています。
